Rmarkdown介绍

写标题

写标题格式就是#空格加标题，一共可以写六级标题，几级标题就几个#，记得加空格。

文本

斜体：在文字两边加*或者_(斜体，斜体)
加粗：在文字两边加**或者__(加粗，加粗）

引用

链接引用格式：[链接名称](链接地址)
图片引用格式：![图片名称](图片链接)
文本引用格式：段落前加>

白日依山尽

黄河入海流

代码块

直接用`框住写的代码就好。

sin(pi)

或者hello world

列表

无序列表：-空格内容
有序列表：1.空格内容

表格

表格的每列之间用|隔开，第一行后用------隔开，举个例子（不用对齐|）

注：可以通过-----调整对齐方式，具体有三种 :------:居中 :-------左对齐 -------:右对齐

公式

写公式可能是写论文最头疼得了，markdown不要太好用了，公式两边用$$框起来，类似于代码块，简单写个积分符号感受下。

\[ \int\ dt. \]

具体其他公式，可以参考这个网站! https://math.meta.stackexchange.com/questions/5020/mathjax-basic-tutorial-and-quick-reference

软件推荐

Typora下载地址https://www.typora.io/ 。可以自主更换主题，输出各种文档，编译也比较简单。

安装与建立

install.packages('rmarkdown')
#install from GitHub
if (!requireNamespace("devtools"))
  install.packages('devtools')
devtools::install_github('rstudio/rmarkdown')

如果需要生产PDF文件输出，建议安装TinyTeX（如果之前未安装过LaTeX）（轻便、可移植、跨平台、易于维护的LaTeX发行版）（全套安装Texlive)

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()

通过以下操作建立Rmarkdown文件：File->New File-->R Markdown，得到以下页面：

可以通过该界面选项更改标题、作者、输出格式等。 之后得到Rmarkdown的默认页面，通过该页面可以看到文件由头部文件、正文以及代码块组成，其中头部文件编码格式为YAML。
简单的介绍一下，界面功能。 Knit是文件的输出选项，下拉可以选择不同的输出类型。 +c可以选择输入代码块的语言类型（快捷键ctrl+alt+I） 设置部分可以选择输出后的展示地点等。

插入代码

• 快捷键ctrl+alt+I
• 行内代码1.2246064^{-16},文档结合代码可以采用如下：这里一共有15个人
• 一般代码块同markdown

print(1:5)

## [1] 1 2 3 4 5

插入表格

x<-1:10;
y<-x^2;
lmr<-lm(y~x)
co<-summary(lmr)$coefficients
print(co)

##             Estimate Std. Error   t value     Pr(>|t|)
## (Intercept)      -22  5.5497748 -3.964125 4.152962e-03
## x                 11  0.8944272 12.298374 1.777539e-06

knitr::kable(co)

knitr::kable(co,digits = 4,caption = "回归",align = 'c')

pander::pander(lmr)

插入图片

代码图片

plot(1:10)

• fig.show='asis'表示画图在代码后;
• fig.show='hold'代码产生图片放在一个完整代码块;
• fig.show='animate'所有生成的图片合成一个动画图片;
• fig.show='hide'产生图片但不展示;
• 图片大小可以通过设置调整，设置图片大小还可以通过赋值fig.height和fig.width赋值或者设置百分比（百分比在HTML格式下会自适应页面大小），也可以通过点击设置里面对图片大小进行更改。

plot(1:10)

• fig.align默认left，可以设置为center和right

plot(1:10)

• fig.cap设置图片标题

plot(1:10)

散点图

代码段选项

具体定义参考https://yihui.name/knitr/options

print(1:5)

## [1] 1 2 3 4 5

• eval决定代码是否运行

print(1:5)#仅显示不运行

• include决定代码和结果是否写入生成文档

• echo决定是否显示代码块

## [1] 1 2 3 4 5

• 多个代码显示在一个框中

print(1:5)

## [1] 1 2 3 4 5

print(1:10)

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

print(1:5)
## [1] 1 2 3 4 5
print(1:10)
##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

• prompt代码用于区别代码和结果

> print(1:5)

## [1] 1 2 3 4 5

> print(1:10)

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

• comment代码用于去除结果中的##

print(1:5)

[1] 1 2 3 4 5

简单做一个对比

print(1:5)

## [1] 1 2 3 4 5

print(1:10)

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

> print(1:5)
[1] 1 2 3 4 5
> print(1:10)
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

• tidy=TRUE可以自动重新编排代码

s<-0
for(x in 1:5) {s<-s+x^x;print(s)}

## [1] 1
## [1] 5
## [1] 32
## [1] 288
## [1] 3413

• results选项 markup默认选项，会把文本结果转化成HTML格式,hide运行代码但不显示,hold一个代码块所有代码显示完，才显示结果,asis文本型输入直接进入HTML文件

print(1:5)

[1] 1 2 3 4 5

• 隐藏信息和警告，通过代码块旁设置实现

print(1:5)

## [1] 1 2 3 4 5

公式输入

常见公式表达： 

• 下标：$x_1$结果为\(x_1\)
  
• 上标：$x^2$结果为\(x^2\)，但写一个整体需要括号连接$x^21$结果为\(x^{21}\)
  
• 根号：$sqrt{2}$结果为\(\sqrt{2}\)
  
• 绝对值：$|x|$ 结果为\(|x|\)
  
• 导数：$f'(x)$结果为\(f'(x)\)
  
• 修饰符：

$\bar{x}$结果为\(\bar{x}\)
$overline{\text{span}}$结果为\(\overline{\text{span}}\)
$\hat{x}$结果为\(\hat{x}\)
$\tilde{x}$结果为\(\tilde{x}\)
$\vec{x}$结果为\(\vec{x}\)

PDF中文模板

# Install from CRAN
install.packages("rticles")

# Or install development version from GitHub
devtools::install_github("rstudio/rticles")

使用方式
File->New File-->R Markdown-->Form Template-->CTeX documents，或者复制头部文件到想要的文件中。

HTML模板

rmdformats

install.packages("rmdformats")

使用方式
File->New File-->R Markdown-->Form Template-->CTeX documents，或者复制头部文件到想要的文件中。